Kuraya, 5. Tur'dan gelen; Bursaspor, Eskişehirspor, Fenerbahçe ve Trabzonspor seri başı takımlar olarak, 1461 Trabzon, Sivasspor, Medical Park Antalyaspor ve Mersin İdmanyurdu ise seri başı olmayan takımlar olarak katıldı. Seri başı 4 takım ile seri başı olmayan 4 takım kura ile iki gruba eşit olarak dağıtıldı.
Gruplarda 1. maçlar 18-19-20 Aralık; 2. maçlar 12-13-14 Ocak 2013; 3. maçlar 15-16-17 Ocak; 4. maçlar 22-23-24 Ocak; 5. maçlar 29-30-31 Ocak ve son maçlar 26-27-28 Şubat tarihleri arasından belirlenecek günlerde yapılacak. Grup müsabakaları sonucu gruplarında ilk iki sırayı alacak toplam 4 takım, Yarı Final müsabakaları oynamaya hak kazanacak.
Kura çekimi sonunda gruplar ve fikstür şu şekilde oluştu:
A GRUBU
B GRUBU
1. Hafta BURSASPOR - 1461 TRABZON
FENERBAHÇE A.Ş. - SİVASSPOR 2. Hafta 1461 TRABZON - FENERBAHÇE A.Ş.
SİVASSPOR - BURSASPOR 3. Hafta BURSASPOR - FENERBAHÇE A.Ş.
1461 TRABZON - SİVASSPOR 4. Hafta FENERBAHÇE A.Ş. - BURSASPOR
SİVASSPOR - 1461 TRABZON 5. Hafta 1461 TRABZON - BURSASPOR
SİVASSPOR - FENERBAHÇE A.Ş. 6. Hafta BURSASPOR - SİVASSPOR
FENERBAHÇE A.Ş. - 1461 TRABZON
1. Hafta MERSİN İ.Y. - M.PARK ANTALYA
TRABZONSPOR A.Ş. - ESKİŞEHİRSPOR 2. Hafta M.PARK ANTALYA - TRABZONSPOR A.Ş.
ESKİŞEHİRSPOR - MERSİN İ.Y. 3. Hafta MERSİN İ.Y. - TRABZONSPOR A.Ş.
M.PARK ANTALYA - ESKİŞEHİRSPOR 4. Hafta TRABZONSPOR A.Ş. - MERSİN İ.Y.
ESKİŞEHİRSPOR - M.PARK ANTALYA 5. Hafta M.PARK ANTALYA - MERSİN İ.Y.
ESKİŞEHİRSPOR - TRABZONSPOR A.Ş. 6. Hafta MERSİN İ.Y. - ESKİŞEHİRSPOR
TRABZONSPOR A.Ş. - M.PARK ANTALYA
